Instititucija poznata pod skraćenim nazivom „Plovput“ osnovana je 1962. godine, a sa radom je počela 1963. godine

Ustanova za održavanje unutrašnjih plovnih puteva osnovana je Uredbom Saveznog izvršnog veća FNRJ 14. novembra 1962. godine, a sa radom je počela 1963. godine, kao naslednik Sekcije za plovne puteve iz vremena Kralјevine Jugoslavije.


Arhiva Plovputa: plovilo Plovputa SPP VII (Naziv SPP označava nekadašnju Sekciju za plovne puteve)

Poseban Zakon o Ustanovi za održavanje unutrašnjih plovnih puteva usvojen je 11. oktobra 1974. godine. Institucija 1997. godine menja naziv u Savezna javna ustanova za održavanje i razvoj unutrašnjih plovnih puteva (Službeni list SRJ, broj 11). U aprilu 2003.
godine, u skladu sa Odlukom o prihvatanju sporazuma država članica o definisanju konačnog statusa organa i organizacija iz člana 15. Zakona za sprovođenje Ustavne povelјe Državne zajednice Srbija i Crna Gora, Plovput postaje organ države članice Srbije (Službeni glasnih Republike Srbije, broj 35, 02. april 2003. godine).

Arhiva Plovputa: Isečak iz Službenog lista FNRJ, sreda, 14. novembar 1962. Godine, deo Uredbe o Ustanovi za održavanje unutrašnih plovnih puteva

Zakonom o ministarstvima (2007) institucija menja naziv i postaje Direkcija za unutrašnje plovne puteve „Plovput“. Usvajanjem Zakona o plovidbi i lukama na unutrašnjim vodama (Službeni glasnik Republike Srbije, broj 73/10), institucija je definisana pod nazivom Direkcija za vodne puteve. Od 01. januara 2013. godine, u skladu sa usvojenim Izmenama i dopunama Zakona o plovidbi i lukama na unutrašnjim vodama, Direkcija za vodne puteve je postala organ uprave u sastavu Ministarstva saobraćaja. Ove godine Direkcija za vodne puteve slavi 50 godina rada.